Pemanenan buah pepaya merupakan ntahap akhir dari kegiatan budidayanya. Untuk mendapatkan hasill panen yang berkualitas , tentu diperlukan penanganan panen dan pasca panen yang benar. 

A. Waktu dan Cara Panen 

Pepaya akan mulai berbunga pada umur 3 – 4 bulan setelah tanam, dan buahnya dapat dipanen sekitar 3 – 4 bulan sejak bunga mekar. Pemanenan biasanya dilakukan pada buah yang telah memenuhi tingkat kematangan optimal atau disesuaikan dengan keperluan. Pepaya memiliki tujuh stadia kematangan buah, yaitu matang fisiologis (mature green), semburat kuning (colour break), 25% kuning (quarter ripe), 50% kuning (halp ripe), 75% kuning (ripe), 100% kuning (full ripe), dan terlalu matang (over ripe).

Untuk memenuhi permintaan pasar lokal, kriteria buah pepaya yang dipanen adalah sudah tua dengan kondisi buah 95% berwarna hijau, disertai semburat warna kuning diantara tengah dan ujung pepaya. Penampakan luar buah kelihatan mengkal, tetapi apabila dibelah bagian dalamnya sudah menunjukkan warna merah kekuningan Sebelum buah pepaya dipanen, dada beberapa hal yang perlu diperhatikan yaitu:

Lakukan panen buah pada kondisi cuaca cerah namun tidak terlalu panas, yaitu pagi hari jam 07:00 – 10:00 atau sore hari jam 15:00 – 17:00.
Amati tingkat kematangan buh dengan cara memperhatikan jumlah semburat warna merah pada kulit buah, 20 – 25% semburat merah.
Perkiraan umur buah dari saat bunga mekar adalah 140 – 150 hari.
Untuk jarak angkut jauh, sebaiknya buah yang dipetik masih berwarna hijau kekuningan.
Agar tidak melukai kulit buah, sebaiknya pemetikan menggunakan sarung tangan yang permukaannya tidak kasar.
Cara pemetikan dengan memutar buah menggunakan tangan sampai terlepas dari tangkainya. Cara lain adalah dengan memotong tangkai buah sepanjang satu buku menggunakan pisau tajam.
Jika pohon pepaya tinggi, sebaiknya gunakan tangga untuk memetik.
Setiap buah yang dipanen, idealnya buah dibungkus dengan kertas koran. Tujuannya untuk mencegah gesekan atau benturan antarbuah yang dapat mengakibatkan buah memar. 
Lapisi keranjang /wadah buah menggunakan daun kering atau kertas koran yang berfungsi sebagai bantalan. Buah disusun berdiri atau tidur, yang besar diletakkan di bagian bawah. Rongga antarbuah diisi dengan daun kering atau kertas koran.
Tumpukan buah sebaiknya tidak terlalu tinggi untuk menghindari tekanan yang terlalu berat bagi buah yanhg berada di bagian bawah.
Angkat keranjang dengan hati-hati agar ketika dibawa ke pasar atau ke tempat penyortiran tidak terjadi guncangan dan gesekan yang dapat melukai buah.

B. Pengelolaan Pascapanen 

Setelah dipanen, selanjutnya buah pepaya perlu ditangani agar tetap dalam kondisi baik ketika sampai di tangan konsumen. Secara umum kegiatan pascapanen buah pepaya meliputi beberapa proses sebagai berikut:

1. Sortasi buah, bertujuan untuk menghasilkan buah yang seragam dan sesuai dengan kelas mutu buah yang diinginkan. Kegiatannya memilah dan memisahkan buah berdasarkan ukuran, bentuk, tingkat kemasakan buah, dan keseragaman warna. 

Buah pepaya yang akan dijual untuk kebutuhan pasar swalayan/supermarket dan untuk ekspor perlu dilakukan pengelompokan terhadap buah yang telah disortasi menjadi kelompok kelas tertentu. Untuk kelas yang paling baik, yaitu kelas super perlu memenuhi kriteria antara lain kualitas buah sesuai dengan karakteristik varietas dan bebas dari kerusakan kulit yang mempengaruhi tampilannya. Untuk kelas A, kualitas buah sesuai dengan karakteristik varietas, ada sedikit kerusakan pada permukaan kulit buah yang tidak melebihi 10% dari jumlah totalnya. Untuk kelas B, hampir sama dengan kelas A, namun total kerusakan kulit buah tidak melebihi 15%. Kerusakan pada kulit buah misalnya ada memar akibat benturan, terpapar sinar matahari, dan/atau kena getah. 

2. Pengemasan, dilakukan untuk mempertahankan mutu buah, tertutama pada saat pengangkutan atau penyimpanan. Selain itu pengemasan juga bertujuan agar penampilan buah menjadi lebih menarik ketika dijual. Pepaya yang sudah dikemas dengan tempat buah, bak plastik, atau dicurah langsung, perlu ditata rapi di bak pengangkut.

Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam pengemasan buah pepaya adalah sbb: 

Gunakan alat kemas seperti kotak karton atau kardus yang memiliki sekat-sekat.
Pastikan pada alat kemas terdapat lubang/celah untuk sirkulasi udara.
Tempatkan buah yang sudah dikemas pada wadah yang kering atau pada tempat penyimpanan yang suhunya bisa diatur.

3. Penyimpanan, dilakukan untuk menjaga buah agar memiliki tingkat kesegaran yang lebih lama. Selama dalam penyimpanan, karton/kardus pepaya sebaiknya disusun secara teratur tidak tumpang tindih. Bila terpaksa harus ditumpuk, usahakan agar karton tidak lebih dari tiga tumpukan. Suhu ruang penyimpanan diatur agar tetap kering dengan sirkulasi udara yang baik. Akan lebih baik lagi jika raung penyimpanan dilengkapi dengan AC.

4. Transportasi, dilakukan dengan menggunakan alat angkut berupa kendaraan roda dua atau roda empat. Jika menggunakan kendaraan roda dua, maka perlu dibuat tempat buah pepaya yang dirancang khusus. Namun jumlah buah yang dapat diangkut terbatas.Untuk jarak jauh dan jumlahnya banyak, maka selama pengangkutan buah pepaya yang dikemas dalam kotak karton/kardus sebaiknya diusahakan agar tinggi tumpukannya tidak menyebabkan buah yang didalam karton/kardus menjadi rusak dan diupayakan goncangan yang terjadi tidak terlalu keras. Penyusunan kotak pepaya dalam kendaraan harus memperhatikan kekuatan kemasan dan juga memperhatikan adanya sirkulasi udara untuk mencegah buah menjadi busuk.