Tanaman buah naga dapat menyimpan air, terutama pada musim kemarau, yang tidak membutuhkan banyak air, sehingga cocok sekali ditanam pada lahan yang gersang seperti lahan bekas pertambangan pasir. Meskipun tanaman buah naga termasuk tanaman kaktus yang tahan kekeringan, tetapi apabila kekurangan air akan menyebabkan tanaman ini menjadi sukar berbuah. Penyiraman harus sesuai dengan kebutuhan tanaman, serta memperhatikan waktu penyiraman. Pada masa awal penanaman, penyiraman bisa dilakukan pada pagi dan sore hari. Jika penanaman dilakukan pada musim kemarau, kebutuhan penyiraman tiap hari menjadi mutlak diperlukan. Tetapi pada musim penghujan, frekuensi penyiraman bisa dikurangi tergantung curah hujan. Ketika curah hujan tinggi, jangan melakukan penyiraman.

Tahapan pemeliharaan seperti pengairan yang diperhatikan adalah pada kondisi awal pertumbuhan, pengairan dilakukan pada 1 – 2 hari sekali, karena kalau kelebihan air akan mempercepat terjadinya kebusukan batang tanaman buah naga.

Tanaman buah naga memerlukan ketersediaan air yang cukup, karena tanaman ini peka terhadap kekeringan dan akan membusuk bila kelebihan air dan dilain pihak membutuhkan penyinaran cahaya matahari penuh, untuk mempercepat proses pembungaan. Hujan yang terlalu deras dan berkepanjangan bisa menyebabkan kerusakan tanaman terutama pembusukan akar dan merambat sampai pangkal batang. Intensitas sinar matahari yang dibutuhkan sekitar 70-80 persen, karena itulah tanaman ini sebaiknya ditanam dilahan tanpa naungan dan sirkulasi udara disekitar tanaman cukup baik bagi tanaman disekitarnya.

Untuk sistem pengairan pada lahan disesuaikan dengan kondisi lahan, sistem atau cara tanamnya, dan pengadaan sumber air yang ada disekitar lahan. Pengairan dapat menggunakan cara pengairan tradisional yaitu leb dengan menggunakan parit sedalam 20 cm yang dibuat disekitar barisan tanaman. Cara pengairan lainnya dengan menggunakan sistem pengairan pipa yang dibuat sedemikian rupa agar dapat mengalirkan air pada seluruh tanaman. Pada prinsipnya drainase harus berjalan baik dan bersifat porous.

Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam penanganan pengairan pada tanaman buah naga antara lain : 

1). Tanaman buah naga membutuhkan pengairan yang rutin. Walaupun tanaman membutuhkan tanah pada lokasi yang kering, tetapi untuk memenuhi masa pertumbuhannya tetap diperlukan air untuk membantu proses fisiologis tanaman.

2). Pengairan dilakukan mulai hari ke 10 sesudah tanam atau sesuai kondisi lahan, apabila terlalu kering tanah harus segera disiram. Penyiraman tidak perlu terlalu banyak atau terendam karena akan menyebabkan busuk batang.

3). Frekuensi penyiraman berbeda pada tahap vegetatif dan generatif. Pada tahap vegetatif penyiraman dilakukan seminggi sekali hingga umur 6 bulan. Bila kondisi tanah kering atau musim kemarau, frekuensi penyiraman dapat dilakukan 5 – 7 hari sekali. Sementara pada tahap generatif, frekuensi penyiraman dilakukan 10 – 14 hari sekali. Waktu terbaik untuk melakukan penyiraman adalah pada pagi hari pukul 06.00 atau sore hari pukul 17.00.

4). Penyiraman tanaman dikurangi

Pada saat tanaman mulai produksi bunga dan buah, penyiraman harus dikurangi agar pertumbuhan tunas baru menjadi lambat dan berhenti. Pengairan tanaman dihentikan bila sudah nampak tanda-tanda adanya kuncup bunga. Bila ada sekitar 30 % populasi tanaman sudah tumbuh kuncup maka pengairan cukup diberikan 2 minggu sekali.

5). Pengairan tanaman dihentikan

Bila buah sudah membesar seukuran kepalan tangan walaupun masih hijau sedikit kemerahan pada kulitnya maka pengairan dihentikan hingga buah menjadi tua. Tanda buah sudah tua adalah ujung dan pangkal buah sedikit keriput dan keras.

Bermacam macam sistem pengairan :

Pengairan menggunakan pompa air, apabila pengairan menggunakan pompa air, maka pompa air dapat dibantu dengan pipa terbuat dari bahan plastik atau karet, bahkan sistem leb. Caranya sebagai berikut : siapkan pompa air sejenis Jet Pump atau diesel, kemudian siapkan pipa plastik atau pipa karet ukuran ¾ dim untuk pengaliran air dari pompa air . Pemasangan pipa diatur sesuai petak lahan. Selang plastik digunakan untuk menyemprotkan air ke tanaman sampai rata.
Pengairan sistem leb, umumya dilakukan pada lahan persawahan, juga dapat dilakukan pada lahan tegalan asal memiliki sumber air. Pengairan ini diterapkan pada tanah liat berpasir. Tekniknya dengan membuat parit dengan kedalaman 20 cm dan lebar 20 cm. Jarak tanaman dengan parit 20-40 cm. Pemasukan air ke areal tanam diatur per petak lahan sesuai keadaan lahan. Air dimasukkan dari parit yang letak kemiringannya lebih tinggi. Bagian akhir parit ditutup dulu dengan tanah agar air menggenang dalam parit. Bila air sudah meresap merata, pengaliran air dipindahkan ke parit pada petak lahan berikutnya. Caranya ujung parit dibuka hingga sisa air dari dalam parit berpindah seluruhnya ke parit lainnya. Lakukan demikian seterusnya sampai seluruh petak lahan terairi.