Sampai saat ini perbanyakan tanaman pepaya adalah secara generatif, yaitu dengan menyemaikan biji dari buah yang sudah masak. Perbanyakan secara vegetatif masih sulit dilaksanakan, kalaupun bisa yaitu dengan cara mencangkok batang,dan kultur jaringan tetapi tidak efisien untuk penyediaan bibit dalam jumlah besar. Satu-satunya cara yang mudah dilakukan adalah dengan menggunakan biji, karena dari satu buah bisa diperoleh biji dalam jumlah banyak. Biji tersebut dapat langsung di tanam di kebun atau dapat di semaikan terlebih dulu. Cara perkecambahan biji pepaya yang sudah mengalami penyimpanan dalam bentuk kering ada bermacam-macam. Mengingat sifat biji tanaman pepaya sangat peka terhadap pengaruh suhu dan kelembaban maka di sarankan dalam mengecambahkan benih dilakukan secara hati-hati. Perkecambahan benih pepaya ternyata juga dipengaruhi cahaya, suhu dan kelembaban. Benih pepaya memerlukan cahaya untuk berkecambah karena berhubungan dengan suhu. 

Perkecambahan dan penyemaian biji pepaya dapat dilakukan dengan cara sebagai berikut : 

A. Perkecambahan menggunakan kertas tisu atau kain yang lembab 

Biji pepaya direndam semalam menggunakan air hangat kuku. 
Setelah dibiarkan selama satu malam kemudian di ambil biji yang bernas (biji yang tenggelam dalam air), selanjutnya di cuci dan ditiriskan menggunakan saringan.
Menyiapkan kertas tisu atau kain yang basah/lembab, selanjutnya biji di bungkus menggunakan tisu tersebut dan semprot menggunakan air agar terjaga kelembaban biji. 
Masukan biji yang sudah dibungkus tadi ke dalam petridis atau plastik klip dan tutup rapat.
Letakkan di tempat yang terkena cahaya langsung, tetapi jangan terlalu terik sinarnya, suhu yang diperlukan untuk perkecambahan biji kurang lebih 30oC
Selanjutnya dijaga kelembaban biji dengan cara disemprot menggunakan air. Setelah kurang lebih 7-12 hari biji pepaya akan mulai berkecambah.
Selanjutnya biji disemai kedalam polybag yang sudah diisi media tanah dan pupuk kandang dengan perbandingan ( 2 : 1 ).

Langkah-langkah pengecambahan benih dengan metode tissue

B. Perkecambahan menggunakan kantong plastik yang ditiup (modifikasi oksigen) 

Biji pepaya direndam semalam menggunakan air hangat kuku. 
Setelah dibiarkan satu malam kemudian di ambil biji yang bernas (biji yang tenggelam dlm air), selanjutnya di cuci dan ditiriskan menggunakan saringan.
Biji dimasukkan ke dalam kantong plastik berukuran 1 kg kemudian ditiup.
Selanjutnya plastik diikat rapat menggunakan karet, jangan sampai udara yang didalam plasik keluar/ bocor.
Biasanya setelah 7-12 hari biji sudah mulai berkecambah 

Tahapan pengecambahan dengan kantong plastik 

C. Perkecambahan di bak persemaian 

Biji pepaya direndam semalam lalu disemaikan di bak persemaian selama 15 hari, setelah berkecambah kemudian ditanam di polibag dengan campuran media tanah + pupuk kandang + pasir (1:1:1). Apabila setelah 7-12 hari belum kecambah dapat diberi perlakuan dengan cara: 

Merendam kembali biji dengan air hangat 10-30 menit kemudiaan diletakkan kembali pada kertas tisu lembab. Ditunggu antara 3-5 hari biasanya akan berkecambah. 
Selain itu dapat dilakukan penyemprotan dengan larutan KNO3 2%
Sumber : balitbu.litbang.deptan.go.id