Ikan lele memiliki daya tahan yang cukup baik terhadap kondisi air yang kurang mendukung. Tetapi pada ukuran lele kecil seringkali terjadi kematian secara massal yang mengakibatkan kerugian pada budidaya ikan lele. Pada ukuran kecil, ikan lele memang terhitung masih rentan terhadap perubahan lingkungan dan penyakit. Kondisi lingkungan yang buruk semakin mendukung kematian ikan lele. Kematian pada ikan lele disebabkan oleh faktor internal dan faktor eksternal. Yang penting diperhatikan adalah memilih bibit yang baik dan sehat.

Ikan lele yang baru dipindah dari satu lokasi ke lokasi yang lain mengalami stress dan menurun vitalitasnya, dalam kondisi demikian ikan lele menjadi lemah dan mudah terserang penyakit. Hal inilah yang sering dialami petani ikan lele, karena itu sebelum ditebar ke kolam budidaya perlu dipulihkan terlebih dahulu kondisi ikan. Langkah paling sederhana adalah mempuasakan ikan lele dengan tidak memberi makan terlebih dahulu.

Agar kondisi eksternal mendukung maka kolam lele harus diperlakukan secara baik dan tepat. Beberapa faktor yang perlu dihindari agar tidak terjadi kematian ikan lele antara lain:

1. Penanganan Yang Kurang Tepat
Penanganan pada bibit lele yang salah misalnya padat tebar yang terlalu tinggi, bibit yang dari asalnya memang kurang baik, lingkungan hidup kolam yang tidak baik ( tercemar).

2. Terlambat dilakukan Sorting
Pertumbuhan ikan lele tidak bisa seimbang, ikan lele besar cenderung akan mendominasi makanan. Selain itu lele memiliki sifat kanibal, ikan lele yang besar cenderung akan memangsa ikan lele yang kecil.

3. Tidak menggunakan Probiotik
Probiotik memiliki fungsi menguraikan ammonia dan membantu pencernakan makanan pada ikan . Dalam budidaya lele dengan kepadatan tinggi kotoran ikan akan menumpuk dan menjadi racun bagi ikan. Maka memberikan probiotik baik pada campuran pakan atau kolam cukup penting untuk ternak lele.

4. Penggunaan Alat Tangkap yang tidak Sesuai
Alat tangkap yang tidak sesuai, misalnya terlalu kasar akan membuat luka pada ikan lele kecil. Luka in akan berpotensi terinfeksi oleh bakteri yang bisa menyebabkan kematian.

5. Tidak Dipuasakan
Apalagi untuk pengiriman jarak jauh , bibit ikan lele dipuasakan terlebih dahulu, agar kotoran dan sisa-sisa makanan pada tubuh ikan lele keluar. Jika saat pengiriman ada kotoran yang keluar dari ikan lele maka akan menjadi racun yang mengakibatkan kematian.

6. Waktu Distribusi Yang tidak sesuai
Cuaca panas di siang hari merupakan saat yang kurang tepat untuk mengangkut ikan lele. Idealnya ikan lele dikirimkan pada pagi atau sore hari dan ditebarkan pada kolam pada saat dingin juga.

7. Tidak divaksinasi
Vaksinasi pada ikan lele memang belum terlalu populer. Vaksinasi pada ikan lele akan meningkatkan kekebalan tubuh ikan lele sehingga akan mengurangi resiko kematian.(Galeriukm).